L'EMB peut mettre en place des commissions, chargées d'étudier des sujets ou des thèmes déterminés, et d'émettre des avis.
La Commission pédagogique
La Commission pédagogique est composée de membres de l’EMB et des inspecteurs du cours de religion islamique.
Elle traite des prérogatives liées à l’enseignement du cours de religion islamique, et notamment de la formation continue des enseignants en fonction ou recrutés plus récemment.
Elle organise la sélection de nouveaux candidats enseignants, en fixant les conditions exigées et en organisant les examens de recrutement.
Elle peut également initier des groupes de travail tels que la ‘Commission programme’ et accompagner leurs travaux, ou encore mener des réflexions sur divers sujets liés à l’enseignement de la religion islamique.